BK病毒是一种人群普遍易感的多瘤病毒，对于免疫功能健全的人群来说，BK病毒可以终生潜伏在泌尿系统的上皮细胞中，不会出现明显的感染症状。但当患者免疫系统受损时，有可能会激活病毒。
当人体的免疫系统受到刺激时，尤其是肾移植术后，患者为了抗排斥而遵医嘱应用免疫抑制剂时，可导致潜伏在尿路上皮和肾小管上皮中的BK病毒被激活。被激活后的BK病毒开始高水平复制，大量的病毒颗粒从尿路中排出，可造成BK病毒尿症。在肾移植的患者中，随着病情的进展，BK病毒会进入肾小管上皮细胞的细胞核内，并大量复制子代病毒，引起细胞坏死，肾小管毛细血管被破坏，病毒进入血液，形成BK病毒血症。BK病毒在血液中持续大量复制，进一步破坏移植的肾组织，导致肾小管萎缩和肾间质纤维化，最终形成BK病毒相关性肾病。
免疫抑制是BK病毒激活、复制，以及进展到BK病毒相关性肾病主要的危险因素。BK病毒感染机体，暂无有效治疗方法，只能通过对症治疗来缓解病情，常用的抗BK病毒的药物有来氟米特等。